選擇合適的熒光探針是有效地進(jìn)行實(shí)驗(yàn)并獲取理想實(shí)驗(yàn)結(jié)果的保障。熒光探針的選擇主要從以下幾個(gè)方面考慮。
（1）儀器所采用激光器的類型：應(yīng)根據(jù)儀器采用激光器的類型進(jìn)行探針選擇。如共聚焦激光掃描顯微鏡(Bio-Rad 1024，美國Bio-Rad公司產(chǎn)品)采用氪/氬離子激光器，激發(fā)波長為488nm，568nm，647nm，可激發(fā)多種熒光探針。
（2）熒光探針的光穩(wěn)定性和光漂白性：在進(jìn)行熒光定量和動(dòng)態(tài)熒光監(jiān)測(cè)時(shí)，要求熒光探針有較高的光穩(wěn)定性，也可通過減少激光掃描次數(shù)或降低激光強(qiáng)度的方法，來減輕光漂白的程度。但在進(jìn)行膜流動(dòng)性或細(xì)胞間通訊檢測(cè)時(shí)則需要熒光探針既有一定的光穩(wěn)定性又要有一定的光漂白性。
（3）熒光的定性或定量：僅做熒光定性或僅是觀察熒光動(dòng)態(tài)變化時(shí)，選擇單波長激發(fā)探針，無須制作工作曲線。做定量測(cè)量時(shí)*好選用雙波長激發(fā)比率探針，利于制定工作曲線。
（4）熒光探針的特異性和毒性：盡量選用毒性小、特異性高的探針。
（5）熒光探針適用的pH：大多數(shù)情況下細(xì)胞的pH在生理?xiàng)l件下，但當(dāng)pH不在此范圍時(shí)，考慮適用該環(huán)境pH的熒光探針是有必要的。同時(shí)應(yīng)注意染液自身的pH值會(huì)影響帶電荷的熒光探針與胞內(nèi)組分之間的結(jié)合，因此在染液的配備時(shí)須加以考慮。